据报道，根据生活海域，三文鱼可分为两大类：太平洋三文鱼和大西洋三文鱼。太平洋三文鱼主要生活在美国的阿拉斯加和日本的北海道，大部分是野生并在河海之间回溯的鱼，因此一般认为太平洋三文鱼是淡水河的鱼，含菌与虫较多。而挪威和智利的北大西洋三文鱼不会经历“回溯河里”的过程，一般在深海养殖，因此比较适合做鱼生。

此外，目前市面上还出现一种以假乱真、价钱比三文鱼便宜得多的“虹鳟”.虹鳟是淡水鱼，做成生鱼片后，色泽粉红鲜嫩，难以和三文鱼相区别。

深海鱼不是寄生虫的禁区，生吃海鱼也不能排除感染寄生虫的风险。寄生虫在幼虫阶段所寄生的动物，称作“中间宿主”,寄生虫需要利用中间宿主作为媒介，去感染它们的目标“终宿主”.在终宿主身上，寄生虫会由幼虫成长为成虫，或者通过有性繁殖完成传宗接代。